こんにちは。山本です。
時効取得による移転登記って、基本的には判決をもって行うことがほとんどです。
なんでかというと、時効取得の手続きを行う場合というのは、不動産の登記名義人が亡くなっているケースがほとんどです。

たまに登記名義人がご健在の場合があります。
その場合は、登記名義人が時効取得による移転登記に協力してもらえることもあります。しかし、ほとんどありません。
時効取得をしようとしている不動産の名義人が亡くなっていて、相続人が10名以上のケースがほとんどです。
そうなると全員から印鑑をもらう事は不可能ではありませんが、難しいケースがほとんどです。
したがって、裁判手続きを最初から採って進めていきます。
裁判手続きにおいて、時効取得が認められると、移転登記をすることができます。

どのような判決をもらうかというと、移転登記手続をしなさいという判決をもらいます。
そのような判決を出してもらう事で、登記名義人もしくは登記名義人の相続人が移転登記に協力します。という意思表示をしたという効力が生じます
その結果、不動産の所有権の取得する人と失う人との意思を確認することができるので、移転登記申請が可能となります。
意思表示を裁判所が認めてします。というのもすごい事だと思いますが、そのような判決にしなければ、最終的な解決になりません。